Sedangkan Mohammed Arkoun (Aljazair), melalui teori Islamologi Terapan-nya ingin mendorong umat Islam agar meninggalkan  meminjam teori Foucoult episteme abad pertengahan yang menurut Arkoun cenderung melupakan dimensi historisitas (taarikhiyyah).

Bagi Arkoun, epistemologi pemikiran Islam klasik cenderung bersifat tekstual-normatif yang sudah barang tentu sangat sulit mengadopsi pelbagai perubahan sosial termasuk di dalamnya masalah perkembangan sains.

Menurut Arkoun, untuk memajukan wacana sains di dunia Muslim, kita harus memulai mengkaji nasib filsafat di dunia Islam pasca Ibnu Rusyd. Kita harus melakukan penelitian historis ganda yang membandingkan faktor-faktor yang menyebabkan kegagalan di pihak Muslim dengan orang-orang yang mempromosikan keberhasilan di pihak Kristen Barat tentang apa yang disebut Averroisme Latin.

Arkoun mendorong para peneliti untuk mempelajari faktor sosiologis, ideologis dan faktor budaya yang sangat cepat menyebabkan kemenangan reproduksi ajaran-ajaran  yang diwariskan oleh mazhab-mazhab yang bersaing.

Sejarah pemikiran, kata Arkoun, tidak dapat dipisahkan dari sejarah sosial. Sudut pandang filosofis sangat penting untuk menjangkau ideologi-ideologi yang merusak yang sangat menghalangi semua usaha pembaharuan dan kreativitas keilmuan.

Tentang wacana sains, Arkoun mengungkapkan bahwa tradisi Islam klasik telah memperlihatkan adanya hubungan yang harmonis antara agama, filsafat dan sains, sebagaimana yang terlihat dalam karya-karya Ibnu Sina. Penelitian ilmiah, lanjut Arkoun, tampaknya tidak menghadapi halangan-halangan religius dalam ranah Islam. Al-Quran selalu mengundang orang yang beriman untuk melihat dunia ciptaan agar dapat menghargai keagungan dan kekuasaan Tuhan. Pengetahuan ilmiah tentang alam, bintang-gemintang, langit, bumi, flora dan fauna hanya akan memperkuat iman dan memancarkan hidayah-hidayah simbolik Al-Quran.

Lebih lanjut Arkoun menyatakan:

Orang-orang Arab mengembangkan matematika yang juga mencakup aljabar, geometri, trigonometri dan aritmatika), astronomi, botani, farmakologi, zoology, geografi, psiognomi dan psikomatika, yang dimanfaatkan oleh Barat sejak abad ke-12. Sebagaimana dalam kasus filsafat, gerakan ilmiah raksasa ini berhenti sebagai akibat supervisi teologis yang dapat dibandingkan dengan yang dilakukan oleh kemapanan Barat tetapi lebih dikarenakan oleh lingkungan sosial dan politik baru bagi pengetahuan yang berkembang di keseluruhan dunia Muslim dimulai dari abad ke-11 dan abad ke- 12. Tetapi kemudian, kira-kira pada tahun 1830, keterputusan sejarah dengan warisan saintifik dan kultural periode produktif benar-benar memuncak. Itulah sebabnya mengapa pembaharu-pembaharu salaf akhir abad-19 mengembangkan mitologi, romantisisme dan nostalgia bagi kejayaan yang sudah lama hilang hanya memberikan ruang kecil bagi pendekatan saintifik, kritis dan konstruktif (Mohammed Arkoun, Rethinking Islam, Yogyakarta: Pustaka Pelajar, 1996:128-129, 133-135).